Archives 2005 - 2019

Svensk analys av influensavirusets framtida mutation

published Jul 23, 2009 01:00   by admin ( last modified Jul 23, 2009 01:00 )

...eller rättar sagt en analys över dess möjligheter. Vaccin kan vara trixigt att få fram. Hur farligt kan viruset bli? Annika Linde, statsepidemiolog, har skrivet en bra artikel i Läkartidningen om vilka faktorer som kan ge fördelar hos ett muterat virus. Hon jämför också med Spanska sjukan. Nedan min tolkning av det hon skriver:

Ett virus överlevnadsförmåga beror på tre faktorer:

  1. Hur lätt det kan binda sig till de övre luftvägarna
  2. Hur mycket nytt virus det kan producera per tidsenhet
  3. Hur allvarligt det är för den som får det

Av dessa tre faktorer så är 1) och 3) till vår fördel. Ett inluensa A-virus som binder bra nere i lungorna är farligt, men det binder då inte så bra i de övre luftvägarna. Så här gynnar evolutionen snällare virus. Ett virus som är snällt ignoreras och kan då fortsätta sprida sig, medan ett som är allvarligt leder till skyddsåtgärder som hämmar dess spridning.

Faktor 2) är problemet. Ett virus som producerar mycket nytt virus har en fördel. Om mycket virus produceras i kroppen så kickar immunförsvaret in på ett sätt som kan ge en överreaktion (cytokinstorm). Enligt Linde kan den initiala infektionsdosen vara viktig, om den är stor (nysning i ansiktet) så är risken för cytokinstorm större. I så fall kan ju tvätt av händerna vara bra även om den inte tar bort allt virus, dvs om man blir infekterad ska det vara av en låg dos.

Ett virus kan också som en fjärde faktor aktivt hämma immunförsvaret, t ex dess produktion av interferon

Om spanska sjukan skriver Linde att många dödsfall (de flesta?) hade kunnat undvikas om han haft antibiotika. Idag har vi antibiotika.

 

En för människor ny influensa, A/H1N1, har spritts över världen och kan komma att orsaka en pandemi. Som nästan alla kända pandemivirus har det nya influensaviruset överförts till människan från grisar. Alla kända influensapandemier har haft olika förlopp och orsakat olika svår sjukdom. Det är omöjligt att säga exakt hur det nya viruset kommer att utvecklas och anpassas till sin nya mänskliga värd, men vad som händer med viruset kommer att få mycket stor betydelse för sjukdomens spridning och förlopp.


Läs mer: Läkartidningen


Se ett diagram över spridninghastigheten av svininfluensan i Storbritannien

published Jul 22, 2009 11:59   by admin ( last modified Jul 22, 2009 11:59 )

Den ser ju inte helt exponentiell ut i alla fall, utan som en linjär, som övergår till en brantare linjär. Men det kan ju bero på att det är få fall, eller att alla inte testas längre:

Graf över spridningshastighet

Början på bildutsnittet är ungefär vid första juni.

Over 50,000 people now have suspected swine flu in the UK, and 29 have died from the virus.



Läs mer: Swine flu: how it has spread through the UK | UK news | guardian.co.uk


År influensaviruset kommit tillbaka farligare

published Jul 22, 2009 11:39   by admin ( last modified Jul 22, 2009 11:39 )

Influensaepidemier är inget nytt. Under ett samtal med en kompis ikväll så drog jag mig till minnes att jag läst en text med exempel på när influensaviruset som grasserat ett visst år muterat och kommit tillbaka i en farligare variant. Efter lite googlande så hittade jag att det var en DN-artikel, och de år som de anger är 1781, 1847, 1890 och 1918.

Men det experterna oroar sig för är en eventuell ”andra våg”. Att viruset ska förändra sig och komma tillbaka i en mer aggressiv och dödlig variant. Så har varit fallet med ett flertal tidigare influensor, exempelvis dem som härjade 1781, 1847, 1890 (”ryska snuvan”) samt 1918 (”spanska sjukan”).

Så det verkar inträffa en gång av 50 om man räknar alla årtal som influensaår, och om ovanstående lista av årtal är komplett. Men, då måste vi komma ihåg att populationerna som infekterades var mycket mindre än de miljarder det kan röra sig om idag. Dessutom står det i artikeln att årtalen bara är exempel och alltså inte en komplett lista. Vi kan nog vara helt säkra på att viruset kommer att mutera och ändras på annat sätt till både snällare och allvarligare former. Frågan är vilka sorter som kommer att dominera, och det kan nog komma att bero både på slump (genetic drift), och på någon evolutionär fördel (evolutionary fitness).

Läs mer: Gravida och sjuka kommer att erbjudas förtur - DN.se


Vaccintest på människor har börjat i Australien mot svininfluensa

published Jul 22, 2009 01:15   by admin ( last modified Jul 22, 2009 01:15 )

Vaccinindustrin växer, men när börjar testerna på människor? I brittiska The Guardian kan man läsa att vaccintest på frivilliga nu har börjat i Australien. Australien är mitt i influensasäsongen då de ligger på södra halvklotet. Enligt artikeln är det en sjumånaders testperiod, men jag gissar att denna kommer att förkortas om det verkar gå bra. Det kommer att ta sex till åtta veckor för att bedöma om vaccinet överhuvudtaget är verksamt:

"We have a specific vaccine that we believe will be able to protect millions of people against this new H1N1 flu," Andrew Cuthbertson, CSL's director of research and development, told reporters. He called swine flu "a novel strain of influenza", and said the trial would determine the dose and schedule of the vaccination. Petrovsky said it would be six to eight weeks before results would verify whether a vaccine was effective. "There is no guarantee any of these vaccines will work,"



Läs mer: First human trials of swine flu vaccine begin in Australia | World news | guardian.co.uk


Semantiska nätverk för att navigera webbsidor

published Jul 21, 2009 09:30   by admin ( last modified Jul 21, 2009 09:30 )

Jag gillar det här sättet att navigera information. Idén är rätt gammal men snart måtte väl tiden vara mogen för en spridning av detta sätt att presentera information? Man kan på sidan sätta pekaren över espektive nod, väla och få se ett annat perspektiv. Se nedanstående bild och följ sedan länken nedan och prova själv. TheBrain heter ett annat system, och det finns äldre idéer som Ibis och Gibis.

"The (group of experts) recommended first that healthcare workers should be immunised in all countries in order to retain a functional health system as the virus evolves" s



Läs mer: Silobreaker: All Britons to be vaccinated against A/H1N1 flu Network


Se till att ditt EU-kort för sjukvård i EU är giltigt!

published Jul 21, 2009 01:31   by admin ( last modified Jul 21, 2009 01:31 )

Om man reser runt i EU, EFTA och Schweiz så bör man ha med sig ett EU-kort som ger samma rätt till sjukvård till samma pris i som de som bor där man är.

Men: Det räcker inte med att ha beställt ett en gång i tiden och sedan knata runt med det i plånboken. Det gäller nämligen bara tre år. Sedan (eller rättare sagt innan det går ut) får man beställa nytt, vilket man kan göra från nedanstående länk.

Beställ kortet i god tid. Leveranstiden kan vara upp till tio arbetsdagar. Observera att även barn måste ha ett EU-kort.



Läs mer: Utomlands - Försäkringskassan


Världskarta med tidsreglage för spridning och dödsfall i svininfluensa

published Jul 20, 2009 07:03   by admin ( last modified Jul 20, 2009 07:03 )

På brittiska BBC:s sajt så kan man se en världskarta med antal fall och dödsfall markerade per land. Det finns också under kartan ett tidsreglage som man kan dra i och se hur snabbt den sprider sig. Mitt helt subjektiva intryck är att vi är två månader ifrån en rejäl spridnig i Sverige, och tre månader ifrån en massiv spridning. Än så länge är det bara ett svårt fall i Sverige.

The World Health Organization (WHO) says the spread of swine flu has become a global pandemic. Cases have now been confirmed in 145 countries around the world, and the illness has caused deaths in 19. For more see our swine flu special report. After 6 July 2009, the WHO stopped producing detailed worldwide figures. For subsequent updates to the interactive map below, the source data is taken from the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC).



Läs mer: BBC NEWS | UK | Swine flu: Country by country


Varför tror inte folk på månlandningarna?

published Jul 20, 2009 01:22   by admin ( last modified Jul 20, 2009 01:22 )

AskMen.com har en utmärkt artikel som bevisar att människan varit på månen. Det finns nämligen en hel del som inte tror det.


Jag funderar lite på vad som kan vara grund för att inte tro på månlandningarna, och en orsak tror jag kan vara att försöka nå social status. En person som inte känner till några fakta om månlandningarna, kan ju inte avgöra om en person som påstår att de har hänt eller om en person som påstår att de inte har hänt, har rätt.

Så länge personen själv inte skaffar sig information så lever hon i en "okunnighetsbubbla". Att sätta folk på månen är oerhört svårt och de som var med om detta har naturligtvis därför hög social status. Men om någon kan påstå motsatsen så färgar den höga sociala statusen av sig på den människan, i ögonen på de som fortfarande lever i "okunnighetsbubblan". Man kan säga att förnekaren stjäl lite grann av statusen. En kompis till mig hade en gång i tiden en kompis som "sett igenom allt". Och det låter ju onekligen imponerande...

Här en sammanfattning av punkterna i AskMen-artikeln

  1. Om det varit fejk så hade garanterat Sovjet protesterat.
  2. Ungefär 400'000 människor var inblandade i arbetet. Det är en helt ohållbar konspiration
  3. Det är svårt att fejka en månlandning. Speciellt nio gånger.
  4. Stenarna man tagit med sig är enligt alla geologer utomjordiska och utominterstellära, och man hittade inte månmeteoriter på jorden förrän på 80-talet.
  5. Det finns massor av foton

Och från diskussionen på Digg kan man lägga till:

6. Det står en laserreflektor kvar på månen som man hyfsat lätt kan testa genom att lysa på.


Kul om etanolproducerande alger

published Jul 17, 2009 03:19   by admin ( last modified Jul 17, 2009 03:19 )

1) Dow makes magic algae.
2) Economic pressure forces Dow to make algae directly excrete ethanol in high concentrations (about 20%).
3) Algae gets into environment
4) Algae kills almost anything near it.
5) Algae lives on rotting stuff it killed.
6) Water around algae becomes flammable, sparked by lightning. Fires ensue.
7) Worldwide, waterways and oceans become alcohol laden.
8) Dolphin's social life improves remarkably.
9) Whales start singing a *lot* more.
10) Seals start coming ashore, seeking bars when their algae supply runs out. Barfights ensue. The ACLU gets involved. Punching seals is declared a hate crime.
11) Growing algae becomes illegal. Everyone grows it anyway. California semi-legalizes "medicinal algae."

Läs mer: Slashdot Comments | Novel Algae Fuel-Farming Method Gets Big Backing


Lösenordens styrka inte så viktig

published Jul 17, 2009 02:28   by admin ( last modified Jul 17, 2009 02:28 )

I Dagens Nyheter skräms man med att lösenorden vi använder är för svaga. Det är inte nödvändigtvis så. Bruce Schneier rapporterar om ett paper som påpekar att så länge man har begränsat antal login-försök, eller en större tidsfördröjning vid upprepade försök, så kan man inte använda brute force.

Då kan ju den som attackerar bara ha tre förök på sig t ex, och då är det inte så lätt att gissa ens ett enkelt lösenord. Dn skriver följande:

Nästan fyra av tio svenskar använder för svaga lösenord på Internet. I undersökningen beställd av Post- och telestyrelsen uppger dessutom nästan hälften att de ofta använder samma lösenord för exempelvis e-post och kundkonton.

Läs mer: Många lösenord lätta att knäcka - DN.se

Men Dinei Florêncio, Cormac Herley, och Baris Coskun skriver följande återgett på Schneiers blogg:

 

We find that traditional password advice given to users is somewhat dated. Strong passwords do nothing to protect online users from password stealing attacks such as phishing and keylogging, and yet they place considerable burden on users. Passwords that are too weak of course invite brute-force attacks. However, we find that relatively weak passwords, about 20 bits or so, are sufficient to make brute-force attacks on a single account unrealistic so long as a "three strikes" type rule is in place.



Läs mer: Schneier on Security: Strong Web Passwords

 


WHO: "Inget vaccin mot svininfluensa på månader"

published Jul 15, 2009 04:14   by admin ( last modified Jul 15, 2009 04:14 )

WHO:s chef Margaret Chan säger att även om ett vaccin finns tillgängligt i augusti så tar det pass två månader att testa om det är säkert att använda i stor skala på människor. Min reflektion om detta är att det ju är tråkigt, men en lite bra sak med det kan vara att det ger tillverkarna tid att massproducera vaccinet medan det testas, så att när det väl släpps så kan alla beställningar tillgodoses?

"There's no vaccine. One should be available soon, in August. But having a vaccine available is not the same as having a vaccine that has been proven safe. Clinical trial data will not be available for another two to three months."



Läs mer: Swine flu vaccine still months away, says global health chief | World news | The Guardian

I Svenska Dagbladet så hävdas att vaccineringen kan komma igång snabbt efter Augusti:

 

 

Vaccinet beräknas vara redo för distribution i slutet av september och sedan dröjer det inte länge innan arbetet med att vaccinera svenskarna inleds. – Vi tror att landstingen kan börja med vaccineringen ganska snabbt. Under oktober, och en bit in i november så kommer större delen av Sveriges befolkning att ha fått åtminstone sin första dos, säger Anders Tegnell till SvD.se.



Läs mer: Massvaccinering i höst | Inrikes | SvD

Dock passar faktikst tidsplanen med Chans uppgifter.

 

Dagens Nyheter har intervjuat smittskyddsläkaren i varje landsting om hur just det landstinget ska göra:

Hur ska ert landsting klara av vaccineringen under hösten?



Läs mer: Så ska svenskarna vaccineras - DN.se

 


Hade man kunnat vaccinera mot ett farligare virus snabbare?

published Jul 14, 2009 12:20   by admin ( last modified Jul 14, 2009 12:20 )

I SvD och DN kan man läsa att prognosen är att i bästa fall "bara" 400 000 svenskar blir smittade av H1N1. Då inställer ju sig frågan: Om viruset hade varit dödligare, hade vi kunnat komma igång med vaccineringen tidigare? Om svaret är nej, så måste man väl komma fram till att responstiden inte är bra nog för dessa farsoter.

 

Uppdatering 13:12

För att lite grann svara på min egen fråga: Om man läser artiklarna framgår det att företagen som gör vaccinen inte fått viruset från WHO än, men jag antar att de kunnat fixa fram det på egen hand. Vaccinet odlas i hönsägg, en snabbare metod finns, men den är inte helt utprovad än.

 

Uppdatering 13:20

Det som stör mig lite grann är att man inte får fram vaccinet i tid för att hindra en större spridning. Även om viruset inte är så farilgt så är det ju så att om man tänker använda det så ska vaccinet ju finnas i tid! Annars blir det ju som att distribuera ut paraplyer i slutet av ett regnväder.

 

Enligt en prognos kommer över 400 000 svenskar att smittas av svininfluensa i höst även om vaccineringen kommer igång snabbt. I värsta fall kan fler än fem miljoner svenskar drabbas.

Läs mer: Över 400 000 väntas få svininfluensa | Inrikes | SvD

Men även i den bästa av världar, det vill säga om vaccineringen kommer i gång snabbt och smittspridningen blir mild, kommer fler än 400.000 svenskar att smittas av den nya influensan, visar simuleringen.

Läs mer: Många drabbas av influensan i höst - DN.se

 

 


How to put some of your Firefox bookmarks directly into an e-mail

published Jul 14, 2009 09:55   by admin ( last modified Jul 14, 2009 09:55 )

I have researched a subject and needed to include some of my bookmarks into an e-mail. I could not find a function for exporting a selection of all the bookmarks I have. However it turned out to be very easy.

See to that the bookmarks you want to have included in the e-mail are in one and the same bookmarks folder in Firefox.

  • Right click on the folder and select "Copy".
  • Go to e.g. Gmail in your browser and paste into the HTML area of the e-mail.
  • The result will be one link for each bookmark, with the title as text.
  • If you paste into a text editor instead you get just the urls, one per line, if that is what you want

Tested on Firefox 3.011 on Ubuntu.

The below discussion helped me:

Just copy a bookmarks folder as mentioned above from FF into a Word file (unlike copying them into Dreamweaver, the links are preserved!). Then export as a html File and use either HTML Tidy (Freeware) or the "Clean Word HTML Code" in Dreamwaever to obtain a small and goodlooking html file! Enjoy Andreas


Läs mer: How to export only part of my bookmarks


Länk - How to build a back propagation ANN with classification with PyBrain

published Jul 14, 2009 02:43   by admin ( last modified Jul 14, 2009 02:43 )

(This blog post is just a bookmark so that I can find the relevant page in the PyBrain docs. PyBrain untested by me at this point in time.)

This tutorial walks you through the process of setting up a dataset for classification, and train a network on it while visualizing the results online. First we need to import the necessary components from PyBrain.



Läs mer: Classification with Feed-Forward Neural Networks — PyBrain v0.2pre documentation


Google har gjort en NX-server som alternativ till FreeNX

published Jul 14, 2009 01:56   by admin ( last modified Jul 14, 2009 01:56 )

Ett alterntiv till VNC om man bara kör X-baserade system är NX. NX tunnlar X i ssh, om jag minns rätt. Den ska vara rätt snål med banbredden. Google har nu gjort en egen Open Source-version, huvudsakligen skriven i Python. Ingen release än men man kan checka ut från subversion och prova om man vill.

Nu får väl Google bara göra en X-server i client side javascript :-)

Command-Line Access Use this command to anonymously check out the latest project source code: # Non-members may check out a read-only working copy anonymously over HTTP. svn checkout http://neatx.googlecode.com/svn/trunk/ neatx-read-only

Läs mer: Source Checkout - neatx - Google Code


Quote of the day

published Jul 13, 2009 03:32   by admin ( last modified Jul 13, 2009 03:32 )

The early bird catches the worm, but what happens to the early worm?

In the comments section of this article:
Want to get ahead? Sleep in - The Globe and Mail


How to find out what memory you have in your Linux box (size, configuration, max RAM, speed)

published Jul 12, 2009 09:45   by admin ( last modified Jul 12, 2009 09:45 )

Summary: use dmidecode

I needed to buy some RAM for my low cost HP server and needed to know how much was in it, what speed it was, how many banks were free and what was the total amount of memory I could put in. It turned out that dmidecode was alread installed on my CentOS box, and it gave all that information, among much else.

I did a lot of searching etc and eventually came across dmidecode, you just run it as root and it parses through /dev/mem and loads the DMI tables, parses them and prints them in human readable form.


Physical Memory Info under Linux - R.I.Pienaar - www.devco.net

lshw also gives memory information.


Länk - Gris-ebola

published Jul 11, 2009 12:20   by admin ( last modified Jul 11, 2009 12:20 )
A form of Ebola virus has been detected in pigs for the first time, raising concerns it could mutate and pose a new risk to humans. Ebola-Reston virus (REBOV) has only previously been seen in monkeys and humans - and has not caused illness. But researchers are concerned that pigs might provide a melting pot where the virus could mutate into something more menacing for humans.



Läs mer: BBC NEWS | Health | Concern over Ebola virus in pigs


Länk - Memristorer kan kanske packa artificiella neurala nätverk mycket tätare

published Jul 11, 2009 01:28   by admin ( last modified Jul 11, 2009 01:28 )
He points out that in the human cortex synapses are packed at a density of about 10^10 per square centimetre, whereas today's microprocessors only manage densities 10 times less. "That is one important reason intelligent machines are not yet walking around on the street," he says. Snider's dream is of a field he calls "cortical computing" that harnesses the possibilities of memristors to mimic how the brain's neurons interact.



Läs mer: Memristor minds: The future of artificial intelligence - tech - 08 July 2009 - New Scientist


How to use OpenID to log in as any member with any rights on a Plone site

published Jul 10, 2009 12:26   by admin ( last modified Jul 10, 2009 12:26 )

Here is a solution that allows any of your regular members on your site to

  • Claim an OpenID url as their own,
  • Use OpenID to log on to your site
  • And automatically be switched over to their normal user, no password or extra login required.

This is just proof-of-concept code and part of my summer hacks.

Currently (Plone 3) it is possible to have users log in to your site through OpenID, but they become kind of zombie members: If you assign roles to them in the Plone UI, the roles don't stick. But if an OpenId login can transfer into a normal plone member OpenId becomes more useful in Plone.

 

Here is how it works:

Setup

You need to install three products

  1. The OpenId Product that comes with Plone
  2. OneTimeTokenPAS

  3. A product that makes a user's properties searchable, such as Remember

Remember can be installed via buildout. With OneTimeTokenPAS after installing it via buildout, I had to manually place it in the products folder for it to work, and I had to delete the egg in the egg cache, and Products.OneTimeTokenPAS from the buildout config so the egg won't reappear at subsequent buildouts.

 

We need something to test on. Install Remember and then create a normal member. There is a location field for each member. Fill in an OpenID url here. Go to portal catalog and make sure that the location field is searchable. I created an index called "location", indexes "getLocation".

Install OneTimeTokenPAS and follow the instructions regarding the acl_users folder, to enable authentication and extraction, and move it to the top among the authentication plugins.

Install OpenID support by adding the product.

Execution

Make a python script in the root of your Plone site with the following contents:

# Get url to site
portal_url = container.absolute_url()
# So what is the id of the currently logged in user
# (will be an openId url for openId logged in users in Plone)?
oldUserId = container.portal_membership.getAuthenticatedMember().getId()
# Search to see if any member on the site has indicated that that url is their openId
# We search each user's "location" field here (with the Member content type of
# the remember product), but better to use a dedicated
# OpenID field for serious use.
# Lose trailing slash of openId identifier
oldUserId = oldUserId[:-1]
res = container.portal_catalog(portal_type='Member',location=oldUserId)
# Get the id of that user
try:
userId = res[0].getId
except IndexError:
return "Nobody has claimed %s as their open id url" % oldUserId
# prepare a login to switch to that user
tokenTool = container.onetimetoken_storage
token = tokenTool.setToken(userId)
logincode = '?logincode=%s' % tokenTool.setToken(userId)
url = portal_url + logincode
# Kill the auth cookie of the old user, or onetimetoken in acl_users won't kick in
context.REQUEST.response.setCookie('__ac','')
# Redirect to the token login, effectively logging in the user with no action on
# her part
context.REQUEST.response.redirect(url)

 Proxy the script as "Manager". Now after the user has logged in as an OpenID user, he can click on a link that goes to the above script. It would probably be possible to have the above script execute autmatically on OpenID login too.

 

Update 2009-07-10

I just realised that a malicious user could block another user out by claiming his OpenID. In this way the good guy user would get logged into the bad guy's account. But the good guy could then just alter the OpenID claim of that account, log out and get logged in to the right one. So a non issue (so far).